San Ignacio de Loyola debe su origen a la reforma en el siglo XVI de unos inmuebles, parte del conjunto palaciego de los Dávila, adquiridos por el Arzobispo Diego de Guzmán.
Tras la expulsión de los jesuitas por Carlos III, este templo pasó a convertirse en parte del Palacio Episcopal y la Iglesia de San Ignacio de Loyola cambió de nombre y comenzó a llamarse San Tomé el Nuevo.
San Ignacio de Loyola posee un interior distribuido en tres naves separadas por ábsides. Este templo se caracteriza por la ausencia de nave central que se articule como crucero.
En el interior, encontramos una galería en forma de tribuna que recorre todas y cada una de las naves y que funciona como Archivo Episcopal.